Samkvæmt samþykktum félagsins hefur Gæðanefnd það hlutverk að annast gæðamál félagsins þar á meðal að stýra gæðaeftirliti sem félaginu er gert að framkvæmda samkvæmt lögum um endurskoðendur. Í lögum um endurskoðendur (79/2008) sem tóku gildi þann 1. janúar 2009 kemur fram í 22. grein laganna að endurskoðendum sé skylt að sæta gæðaeftirliti og að Endurskoðendaráð skuli setja reglur um framkvæmd gæðaeftirlitsins og val gæðaeftirlitsmanna.  Jafnframt kemur fram í 13. grein sömu laga að FLE skuli annast gæðaeftirlitið í samráði við Endurskoðendaráð.

Í september 2009 birti Endurskoðendaráð eftirfarandi “Reglur um framkvæmd gæðaeftirlits með störfum endurskoðenda”.

Gæðanefnd FLE, starfsárið 2011-2012 er þannig skipuð:    
Guðný Helga Guðmundsdóttir,  formaður 
Valgerður Kristjánsdóttir
Hörður Sigurjón Bjarnason
Bryndís Björk Guðmundsdóttir